哥本哈根大学法医鉴定研究所的科学家进行的研究得出结论，所有蓝眼睛的人都有一个共同的祖先，生活在距今约6000到1万年前的黑海附近地区。
研究人员分析并比较了来自丹麦、土耳其和约旦等不同地区的155名蓝眼睛个体虹膜染色体的独特基因组成。
所有参与研究的人在眼睛特定染色体的基因中都有完全相同的“突变”，基因差异极小，这表明导致蓝眼睛的“突变”是相对较近时期才出现和传播的。
其中一个有文献记载的最古老的文明之一是美索不达米亚的古代苏美尔人，他们被认为是最早拥有文字、学校、法院和许多其他“第一”的高级文明。古代苏美尔人认为蓝眼睛是众神（即阿努纳基奇人）的象征。苏美尔贵族的大部分半身像都是蓝眼睛、金发。
科学家得出结论，这个蓝眼睛的家族在最后一个冰河时期后从黑海北部地区扩散开来。这些人是原始印欧语族雅利安人中的一部分，后来将农业传入西欧，然后骑马进入伊朗和印度，哥本哈根大学细胞与分子医学系的汉斯·艾伯格教授解释道。
蓝眼睛是一种隐性遗传特征，必须从双方父母那里继承该基因。（绿眼睛涉及相关但不同的基因，是隐性的棕色、显性的蓝色眼睛）。
在最后一次冰河时期结束后，许多欧洲人继承了与蓝眼睛有关的罕见基因，使他们与其他人类种族区分开来。
事实上，似乎最早知道的农业文明组织起来的精英和贵族都有这个特征，似乎来自同一血统。
当我们回顾古埃及时，可以说这是世界上最古老的文明之一，我们可以找到许多金发和浅发色的木乃伊。
另一个有史可查的古老文明之一，是被认为第一个拥有书写能力、学校、法院和许多其他“第一次”的高级文明，那就是美索不达米亚的古代苏美尔人。古苏美尔人认为蓝眼睛是神的标志（即阿努纳奇人）。苏美尔贵族大多有蓝眼睛和浅发色，正如他们的大多数半身像所展现的那样。
下面的图片展示了公元前三千年中叶到晚期苏美尔人的蓝眼睛雕像。阿瑟·基思在《乌尔挖掘》（1927）中引用说：“他们（苏美尔人）确实属于与欧洲国家相同的人类种族划分，是高加索族的后代。”
传统上认为，释迦牟尼佛的身体具有“伟大人物的32种特征”。这32种特征在南传大藏经中有所描述，第29个特征是“深蓝色的眼睛”。
两千年前，一个神秘而鲜为人知的文明在秘鲁北海岸统治，他们有着蓝眼睛的精英阶层。这个文明被称为莫切文化，他们建造了巨大的金字塔，仍然占据着周围的乡村；一些金字塔高度超过一百英尺。
在秘鲁胡卡普克拉纳遗址工作的考古学家最近从一座古代墓穴中发掘出了一具蓝眼睛木乃伊，认为它来自印加文化出现之前盛行的瓦里文化。
这位被称为“面具女士”的木乃伊拥有清晰明亮的蓝眼睛，1300年来没有失去它的光彩。她的发现可能揭示了秘鲁利马胡卡普克拉纳金字塔失落文明的秘密。
这是该地区瓦里文化的首次发现完整的墓穴，让历史学家有机会了解古老的印加文明之前的文明。
下面的图片是Sipán之王的陵墓，一些考古学家认为这是过去30年来这个地区最重要的考古发现之一，因为主墓室完好无损，未被盗贼打扰。
在印加文化中，他被称为Viracocha，玛雅文化中则被称为Kukulkan，阿兹特克文化中则被称为Quetzalcoatl，中美洲则被称为Gucumatz，在Palenque则被称为Votan，而在Izamal则被称为Zamna。他以及在某些情况下他的“人们”被描述为高大、有胡须、白皮肤，而且有着美丽的翡翠蓝色的眼睛。
弗朗西斯科会士胡安·托克马达从墨西哥古老的土著居民那里收集到关于羽蛇神的传说，他说：“羽蛇神有金发，穿着一件黑袍，上面缝有红色小十字架。”
这样说有点不太诚实，因为这种基因突变也会导致更多的金发和浅色皮肤（即使在今天仍然是受性选择的），而浅色皮肤可以通过刺激更多的维生素D在缺乏阳光的北欧国家，特别是在北极圈附近提供更好的生存优势-在那里，蓝眼睛仍然最为普遍。
欧洲斯堪的纳维亚国家95%的人拥有蓝色的眼睛，他们的发色和肤色范围也更广泛。相比之下，欧洲的发色和皮肤色素种类比世界上任何其他地方都要多。
这些“突变”在相对较近的时间内发生，因为欧洲只有几千年前被殖民，据主流科学家称。通过交配，约35,000至25,000年前，大西洋地区的克罗马侬人（高个子、RH阴性血型、Solutrean工具套装）入侵后，出现了具有蓝色眼睛（尼安德特类型）的褐发人。